Zvláště chráněné druhy
Vybraným vzácným a ohroženým druhům rostlin, živočichů a hub poskytuje zákon č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, zvláštní, přísnější ochranu. Zákon zajišťuje také ochranu tzv. evropsky významných druhů vyplývající ze Směrnice Rady č. 92/43/EHS, o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin a Směrnice Rady č. 2009/147/ES, o ochraně volně žijících ptáků. Podle míry ohrožení jednotlivých druhů jsou stanoveny tři kategorie ochrany - druhy kriticky ohrožené, silně ohrožené a ohrožené. Ochrana zvláště chráněných druhů se vztahuje na jednotlivé jedince, jejich vývojová stádia a části i sídla a deklarována je rovněž ochrana jejich biotopu, zakotvena také ochrana mrtvých jedinců, jejich částí nebo výrobků z nich.
Ze zákonných zákazů lze udělit výjimku, a to za podmínek a z důvodů stanovených v zákoně. Podmínkou pro udělení výjimky je doložení jiného veřejného zájmu převažující nad zájmem ochrany přírody (daného druhu), nebo zájem ochrany přírody. U evropsky významných druhů pak další podmínky neexistence jiného uspokojivého řešení, neovlivnění dosahování či udržení příznivého stavu druhu z hlediska ochrany a současně musí být dán některý ze zákonem jmenovaných důvodů. Detailnější informace k podmínkám výjimek shrnuje část věnovaná legislativě níže. Každý druhý rok je povinností ČR reportovat vydané výjimky ze zákazů Evropské komisi skrze systém HABIDES+.
Seznam zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů (PDF, 420.18 KB)
, včetně jejich rozdělení do kategorií ochrany je uveden v příloze II (rostliny) a III (živočichové) vyhlášky č. 395/1992 Sb. Detailní infomace ke zvláště chráněným druhům lze nalézt na kartách jednolivých druhů, detailnější informace k ochraně druhů lze nalézt v rubrice Odborné podklady a metodiky.
V roce 2024 byl Parlamentu ČR předložen návrh komplexní novely zvláštní druhové ochrany se záměrem je zajištění účinnější ochrany druhů postavené především na ochraně jejich prostředí, jejich biotopů, a současně změny umožňující větší uplatnění nástrojů aktivní péče o vzácné a ohrožené druhy. Přehledně popisuje připravenou změnu včetně navrženého seznamu zvláště chráněných druhů webová stránka AOPK ČR ochrana druhů.
Za účelem ochrany vybraných zvláště chráněných druhů je přiznána náhrada za jimi způsobenou škodu. Podmínky a vybrané druhy jsou definovány v zákoně č. 115/2000 Sb., o náhradě škod způsobeným zvláště chráněnými druhy, konkrétně vlkem obecným, medvědem hnědým, rysem ostrovidem, vydrou říční, bobrem evropským a losem evropským, a také kormoránem velkým. Detailnější informace k podmínkám náhrady škody shrnuje legislativní shrnutí níže.
Stav zvláště chráněných druhů chráněných na úrovni EU, evropsky významných druhů, z hlediska je ochrany pravidelně hodnocen v šestiletých cyklech. Výsledky jsou dostupné na webových stránkách AOPK ČR. Statistické zpracování udělovaných výjimkách z ochrany evropsky významných druhů je pro všechny státy EU dostupné na stránkách Evropské agentury pro životní prostředí. Pro živočišné druhy pak Evropská komise vydala Pokyny k přísné ochraně živočišných druhů v zájmu Společenství podle směrnice o stanovištích (2021).