Na Červeném seznamu mihulí a ryb ČR najdeme celkem 55 druhů ryb a 4 druhy mihulí, včetně vyhynulých druhů. V kategorii, kde existuje nejvyšší riziko vyhynutí, tedy kriticky ohrožený (CR), najdeme 1 druh mihule a 14 druhů ryb. Ohrožení je způsobeno zejména neprostupností říční sítě a překážkami na toku, změnami ve struktuře koryt, morfologii toků, a možnostech dostupných úkrytů a míst k rozmnožování, zásadní je také ovlivnění způsobem rybářského managementu nebo působením invazních nepůvodních druhů.