NaČerveném seznamu bezobratlých ČR najdeme 5 483 druhů, z toho 463 druhů je vyhynulých nebo regionálně vymizelých (EX, EW, RE), 961 bylo klasifikováno jako kriticky ohrožené (CR), 1089 jako ohrožené (EN) a 1261 jako zranitelné (VU).
Na Červeném seznamu najdeme například 51 % vodních a 31 % suchozemských měkkýšů ČR. Celkově zhoršující trend je zaznamenán u denních motýlů, neboť na seznamu najdeme 63 % z celkového počtu u nás. Nemalé zastoupení druhů Červeného seznamu najdeme také mezi včelami, brouky, vážkami. Ohrožení jsou také raci, zatímco rak říční je veden v kategorii zranitelný (VU), raka kamenáče najdeme v kategorii kriticky ohrožený (CR), také proto je pro něj realizován záchranný program. I s ohledem na velikost a diverzitu této skupiny jsou příčiny ohrožení bezobratlých velmi široké, od fragmentace krajiny, přes intenzivní hospodaření, používání pesticidů přes změny vodního prostředí po invazní nepůvodní druhy. Zásadní společným rysem je však potřeba ochrany jejich biotopů a prostředí.