Legislativa - zvláštní druhová ochrana
Současný systém druhové ochrany upravuje zákon č. 114/1992 Sb., o ochraně přírody a krajiny, ve znění pozdějších předpisů (dále také jen „ZOPK“). Zákon zároveň zajišťuje transpozici směrnice Rady č. 92/43/EHS, o ochraně přírodních stanovišť, volně žijících živočichů a planě rostoucích rostlin (dále jen „směrnice o stanovištích“), a směrnici Evropského parlamentu a Rady č. 2009/147/ES, o ochraně volně žijících ptáků (dále jen „směrnice o ptácích“). Ochrana planě rostoucích rostlin a volně žijících živočichů, tedy druhová ochrana, v rámci ZOPK zahrnuje tzv. obecnou ochranu druhů, zajišťující všem volně žijícím druhům a jejich populacím ochranu především před ničením nebo poškozováním, a tzv. zvláštní druhovou ochranu, která zajišťuje ochranu jedinců vybraných, vzácných a ohrožených druhů stanovených vyhláškou č. 395/1992 Sb.
Obecná ochrana rostlin a živočichů je ochranou před nadměrným využíváním, před ničením, poškozováním, sběrem či odchytem, který by mohl vést k ohrožení druhů jako takových na bytí (tj. k jejich vyhynutí na území ČR). To je doplněno o prevenční povinnost ze strany všech osob zamezit při zemědělské, lesnické činnosti, v rámci vodního hospodářství, dopravy a energetiky a dalších aktivit zbytečnému úhynu rostlin a zraňování nebo úhynu živočichů nebo ničení jejich biotopů, včetně narušení migračních tras živočichů, kterému lze zabránit technicky i ekonomicky dostupnými prostředky. Orgány ochrany přírody jsou oprávněny takovou činnost omezit a uložit zajištění potřebných opatření. Součástí obecné druhové ochrany je ochrana všech volně žijících ptáků.
Ochrana zvláště chráněných druhů (dále „ZCHD“) doplňuje a rozšiřuje v případě vzácných a ohrožených druhů ochranu obecnou. Zákon rozlišuje v případě zvláště chráněných druhů tři kategorie ochrany (kriticky ohrožený, silně ohrožený a ohrožený) s tím, že seznam zvláště chráněných druhů je uveden v přílohách vyhlášky č. 395/1992 Sb. Ochrana zvláště chráněných druhů se vztahuje na jednotlivé jedince, jejich vývojová stádia a části i sídla a deklarována je rovněž ochrana jejich biotopu, zakotvena také ochrana mrtvých jedinců, jejich částí nebo výrobků z nich. Zvláště chráněné rostliny je zakázáno trhat, vykopávat, poškozovat, ničit nebo jinak rušit ve vývoji, u zvláště chráněných živočichů je zakázáno škodlivě zasahovat do jejich přirozeného vývoje, zejména je chytat, chovat v zajetí, rušit, zraňovat nebo usmrcovat. Dovoleno rovněž není sbírat, ničit, poškozovat či přemisťovat vývojová stádia nebo užívaná sídla zvláště chráněných živočichů a jak v případě ZCHD rostlin, tak živočichů je rovněž zakázáno je držet, dopravovat, prodávat, vyměňovat, nabízet za účelem prodeje nebo výměny.
Ochranné podmínky, zákazy sloužící k ochraně ZCHD rostlin a živočichů nejsou stanoveny jako absolutní a zákon umožňuje z uvedených zákazů udělit výjimku, a to za podmínek a z důvodů stanovených v zákoně. Tyto důvody se liší pro druhy chráněné podle směrnic, tedy evropsky významné druhy (dále také jen „EVD“), a pro druhy chráněné pouze na národní úrovni. Podle ZOPK je podmínkou pro udělení výjimky buď jiný veřejný zájem převažující nad zájmem ochrany přírody (daného druhu), nebo zájem ochrany přírody. U EVD, tedy druhů chráněných rovněž dle legislativy EU, je požadavek doplněn o podmínky neexistence jiného uspokojivého řešení, neovlivnění dosahování či udržení příznivého stavu druhu z hlediska ochrany a současně musí být dán některý ze zákonem jmenovaných důvodů jako např. zájem veřejného zdraví nebo veřejné bezpečnosti, zájem prevence závažných škod nebo účely výzkumu a vzdělávání.
Povolení výjimek pro evropsky významné druhy je každý druhý rok Českou republikou hlášeno Evropské komisi skrze systém HABIDES+ a stav těchto druhů je každých šest let hodnocen a reportován Evropské komisi.
Zákonná ochrana se neuplatňuje pro druhy, jde-li o rostliny pocházející z dovozu nebo pěstované v kulturách založených povoleným způsobem nebo mrtvé jedince ZCHD živočichů, jejich částí či výrobků z nich, v případech jejich dovozu ze zahraničí nebo mrtvé jedince získané před datem vstupu do EU. Podmínkou je v těchto případech prokázání původu držených jedinců. Ochrana je omezena také u rostlin z kategorie ohrožených, pokud dochází k jejich poškozování apod. při běžném obhospodařování kultur, v nichž se vyskytují.
Specifickou úpravou je také řešen přístup k živočichům odchovanými v lidské péči (v zajetí), jejich ochrana je omezena vydáním osvědčení o původu jedince.
Příslušnými orgány v oblasti druhové ochrany jsou pro obecnou ochranu obecní úřady obcí s rozšířenou působností. Pro zvláštní druhovou ochranu krajské úřady a dále na území národní parků příslušné správy národních parků. Na území chráněných krajinných oblastí, národních přírodních rezervací a národních přírodních památek je kompetentním orgánem AOPK ČR. Na území vojenských újezdů jsou příslušné újezdní úřady.