Pokud se záměr vyžadující jednotné environmentální stanovisko nebo jeho část nachází ve zvláště chráněném území, evropsky významné lokalitě anebo ptačí oblasti, orgán ochrany přírody jej posoudí z hlediska všech zájmů chráněných tímto zákonem ve společném řízení a vydá k němu společné rozhodnutí, které zahrnuje všechny souhlasy, povolení nebo jiná rozhodnutí, závazná stanoviska anebo vyjádření, které by jinak k posuzovanému záměru měly být vydány.
Pokud podle čl. 17 nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 1013/2006 není podáváno nové oznámení, ministerstvo může na základě oznámení změny v přeshraniční přepravě rozhodnout o změně vydaného rozhodnutí.