Pokud se záměr vyžadující jednotné environmentální stanovisko nebo jeho část nachází ve zvláště chráněném území, evropsky významné lokalitě anebo ptačí oblasti, orgán ochrany přírody jej posoudí z hlediska všech zájmů chráněných tímto zákonem ve společném řízení a vydá k němu společné rozhodnutí, které zahrnuje všechny souhlasy, povolení nebo jiná rozhodnutí, závazná stanoviska anebo vyjádření, které by jinak k posuzovanému záměru měly být vydány.
Na základě § 4 zákona č. 25/2008 Sb. je možné podat prostřednictvím ISPOP zmocnění k zastoupení povinného subjektu plnícího ohlašovací povinnost (plná moc v elektronické podobě). To umožňuje plnit ohlašovací povinnost vůči IRZ např. prostřednictvím externích ekologů.