Poplatek za znečišťování ovzduší je splatný do 30 dnů ode dne doručení platebního výměru. Správu placení tohoto poplatku vykonávají příslušné celní úřady.
Pokud podle čl. 17 nařízení Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 1013/2006 není podáváno nové oznámení, ministerstvo může na základě oznámení změny v přeshraniční přepravě rozhodnout o změně vydaného rozhodnutí.