Poplatek za znečišťování ovzduší je splatný do 30 dnů ode dne doručení platebního výměru. Správu placení tohoto poplatku vykonávají příslušné celní úřady.
K posouzení, zda dochází k překročení některého z imisních limitů, se použije průměr hodnot koncentrací pro čtverec území o velikosti 1 km2 vždy za předchozích 5 kalendářních let. Tyto hodnoty ministerstvo každoročně zveřejňuje pro všechny zóny a aglomerace způsobem umožňujícím dálkový přístup.