Pokud se záměr vyžadující jednotné environmentální stanovisko nebo jeho část nachází ve zvláště chráněném území, evropsky významné lokalitě anebo ptačí oblasti, orgán ochrany přírody jej posoudí z hlediska všech zájmů chráněných tímto zákonem ve společném řízení a vydá k němu společné rozhodnutí, které zahrnuje všechny souhlasy, povolení nebo jiná rozhodnutí, závazná stanoviska anebo vyjádření, které by jinak k posuzovanému záměru měly být vydány.
K posouzení, zda dochází k překročení některého z imisních limitů, se použije průměr hodnot koncentrací pro čtverec území o velikosti 1 km2 vždy za předchozích 5 kalendářních let. Tyto hodnoty ministerstvo každoročně zveřejňuje pro všechny zóny a aglomerace způsobem umožňujícím dálkový přístup.