Pokud se záměr vyžadující jednotné environmentální stanovisko nebo jeho část nachází ve zvláště chráněném území, evropsky významné lokalitě anebo ptačí oblasti, orgán ochrany přírody jej posoudí z hlediska všech zájmů chráněných tímto zákonem ve společném řízení a vydá k němu společné rozhodnutí, které zahrnuje všechny souhlasy, povolení nebo jiná rozhodnutí, závazná stanoviska anebo vyjádření, které by jinak k posuzovanému záměru měly být vydány.
Provozovatel zařízení je povinen každoročně předávat krajskému úřadu v elektronické podobě zprávu s údaji o plnění podmínek integrovaného povolení v rozsahu stanoveném úřadem v integrovaném povolení.