Poplatek za znečišťování ovzduší je splatný do 30 dnů ode dne doručení platebního výměru. Správu placení tohoto poplatku vykonávají příslušné celní úřady.
Provozovatel zařízení je povinen každoročně předávat krajskému úřadu v elektronické podobě zprávu s údaji o plnění podmínek integrovaného povolení v rozsahu stanoveném úřadem v integrovaném povolení.