U držitele osvědčení je průběžně, nejméně ale 1x za dva roky, ověřováno dodržování zásad správné laboratorní praxe a to Ministerstvem životního prostředí zřízenou právnickou osobou pro ověřování zásad (NIO SLP, Středisko pro posuzování způsobilosti laboratoří ASLAB, Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, veřejná výzkumná instituce) formou periodických kontrol testovacího zařízení nebo auditu studií. Kontrola dodržování zásad u držitele osvědčení je možná i mimo periodickou kontrolu na žádost správního orgánu.
Kontrola provozu zařízení určených pro nakládání s odpady prováděná Krajskou hygienickou stanicí
Krajská hygienická stanice provádí kontrolu provozu zařízení určených pro nakládání s odpady z hlediska dodržování podmínek provozu vázaných na ochranu zdraví lidí a minimalizaci zdravotních rizik uvedených v provozním řádu.