U držitele osvědčení je průběžně, nejméně ale 1x za dva roky, ověřováno dodržování zásad správné laboratorní praxe a to Ministerstvem životního prostředí zřízenou právnickou osobou pro ověřování zásad (NIO SLP, Středisko pro posuzování způsobilosti laboratoří ASLAB, Výzkumný ústav vodohospodářský T. G. Masaryka, veřejná výzkumná instituce) formou periodických kontrol testovacího zařízení nebo auditu studií. Kontrola dodržování zásad u držitele osvědčení je možná i mimo periodickou kontrolu na žádost správního orgánu.
Žádost o zjišťování úrovně znečišťování výpočtem namísto měření
V případě, kdy nelze, s ohledem na dostupné technické prostředky, měřením zjistit skutečnou úroveň znečišťování, nebo v případě vybraných stacionárních zdrojů vnášejících do ovzduší těkavé organické látky uvedených v prováděcím právním předpisu, rozhodne krajský úřad na žádost provozovatele, že pro zjištění úrovně znečišťování se namísto měření použije výpočet.