Orgány státní správy lesů a Ministerstvo životního prostředí vykonávají státní (v případě Ministerstva životního prostředí vrchní státní) dozor nad dodržováním právních předpisů a na jejich základě vydaných rozhodnutí z movi úřední.
Provozovatel je povinen každoročně vypracovat a zaslat Ministerstvu životního prostředí a současně veřejnosti zpřístupnit výroční zprávu o činnosti zoologické zahrady, a to vždy nejpozději do konce července následujícího kalendářního roku. Povinné náležitosti výroční zprávy o činnosti zoologické zahrady jsou uvedeny v příloze k zákonu č. 162/2003 Sb..