Pravidelnou kontrolu zoologické zahrady provádí Ministerstvo životního prostředí ve spolupráci s Českou inspekcí životního prostředí a Komisí pro zoologické zahrady nejméně jednou za 2 roky. Předmětem kontroly je zjišťování, zda jsou plněny podmínky zákona.
Důvěrné statistické údaje jsou poskytovány pro účely vědeckého výzkumu na základě smlouvy, která stanoví splnění podmínek ochrany těchto údajů, právnickým osobám, jejichž základním posláním je vědecký výzkum. Údaje se poskytují ve formě neumožňující přímé určení zpravodajské jednotky, které se poskytnuté údaje týkají.