Pravidelnou kontrolu zoologické zahrady provádí Ministerstvo životního prostředí ve spolupráci s Českou inspekcí životního prostředí a Komisí pro zoologické zahrady nejméně jednou za 2 roky. Předmětem kontroly je zjišťování, zda jsou plněny podmínky zákona.
Českému hydrometeorologickému ústavu v Praze oznámení o zjištění zdroje podzemní vody s vydatností větší než 1,0 l.s-1 nebo zdroje podzemní vody s napjatou hladinou (artéské vody) s vydatností větší než 0,5 l.s-1.