Pravidelnou kontrolu zoologické zahrady provádí Ministerstvo životního prostředí ve spolupráci s Českou inspekcí životního prostředí a Komisí pro zoologické zahrady nejméně jednou za 2 roky. Předmětem kontroly je zjišťování, zda jsou plněny podmínky zákona.
Na základě § 4 zákona č. 25/2008 Sb. je možné podat prostřednictvím ISPOP zmocnění k zastoupení povinného subjektu plnícího ohlašovací povinnost (plná moc v elektronické podobě). To umožňuje plnit ohlašovací povinnost vůči IRZ např. prostřednictvím externích ekologů.