Pravidelnou kontrolu zoologické zahrady provádí Ministerstvo životního prostředí ve spolupráci s Českou inspekcí životního prostředí a Komisí pro zoologické zahrady nejméně jednou za 2 roky. Předmětem kontroly je zjišťování, zda jsou plněny podmínky zákona.
Provozovatel stacionárního zdroje uvedeného v příloze č. 2 k zákonu je povinen ohlašovat údaje souhrnné provozní evidence za předchozí kalendářní rok prostřednictvím integrovaného systému plnění ohlašovacích povinností