Pravidelnou kontrolu zoologické zahrady provádí Ministerstvo životního prostředí ve spolupráci s Českou inspekcí životního prostředí a Komisí pro zoologické zahrady nejméně jednou za 2 roky. Předmětem kontroly je zjišťování, zda jsou plněny podmínky zákona.
Žádost o zjišťování úrovně znečišťování výpočtem namísto měření
V případě, kdy nelze, s ohledem na dostupné technické prostředky, měřením zjistit skutečnou úroveň znečišťování, nebo v případě vybraných stacionárních zdrojů vnášejících do ovzduší těkavé organické látky uvedených v prováděcím právním předpisu, rozhodne krajský úřad na žádost provozovatele, že pro zjištění úrovně znečišťování se namísto měření použije výpočet.