Úřad z moci úřední rozhodne o zrušení integrovaného povolení při ukončení provozu poté, co byly splněny podmínky integrovaného povolení spojené s ukončením provozu zařízení, nebo nevyužívání integrovaného povolení bez vážného důvodu po dobu delší než 4 roky.
Ministerstvo životního prostředí může předběžným opatřením uzavřít provoz nebo chov živočichů, dotýkají-li se důsledky porušení podmínek stanovených zákonem č. 162/2003 Sb. výlučně tohoto provozu či chovu.