Pravidelnou kontrolu zoologické zahrady provádí Ministerstvo životního prostředí ve spolupráci s Českou inspekcí životního prostředí a Komisí pro zoologické zahrady nejméně jednou za 2 roky. Předmětem kontroly je zjišťování, zda jsou plněny podmínky zákona.
Orgány státní správy lesů a Ministerstvo životního prostředí vykonávají státní (v případě Ministerstva životního prostředí vrchní státní) dozor nad dodržováním právních předpisů a na jejich základě vydaných rozhodnutí z movi úřední.